ไพบูลย์ คุ้มฉายา ได้รับการแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม ในรัฐบาลของ ประยุทธ์ จันทร์โอชา[15] และเป็นหัวหน้าฝ่ายกฎหมายและกระบวนการยุติธรรม ของคณะรักษาความสงบแห่งชาติ อีกหน้าที่หนึ่ง ในวันที่ 2 ธันวาคม พ.ศ. 2558 เขาแต่งตั้งกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิในคณะกรรมการฟื้นฟูสมรรถภาพผู้ติดยาเสพติดจำนวน 4 รายได้แก่ นายจิตรนรา นวรัตน์ นายแพทย์ยงยุทธ วงศ์ภิรมย์ศานติ์ นายพิศิษฐ์ วิริยสกุล นายสุนทร สุนทรธาราวงศ์[16] และแต่งตั้ง อภิชัย หงษ์ทองดำรงตำแหน่งเลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม[17]